Biomarker-Journal Offener Zugang

Abstrakt

Bioinformatische Analyse differentiell exprimierter Gene und deren funktionelle Anreicherung bei akuter myeloischer Leukämie mit MLL-Translokation

Yongjin Tang, Jinyuan Zheng, Xiaomeng Fu, Yang Chen und Donghong Lin

Hintergrund: Chromosomale Translokationen des Gens für gemischte Leukämie (MLL; tMLL) korrelieren mit Therapieresistenz und einer äußerst schlechten Prognose bei Patienten mit akuter myeloischer Leukämie (AML). Die zugrunde liegenden Mechanismen sind noch unbekannt. Ziel dieser Studie ist es, mithilfe eines bioinformatischen Ansatzes die Schlüsselgene und die potenziellen molekularen Mechanismen zu identifizieren, die an der MLL-Umlagerung bei AML beteiligt sind.

Methoden: Die Genexpressionsprofile von 15 Personen mit partieller Tandemduplikation des MLL-Gens (MLL-PTD)-AML und 10 tMLL-AML-Proben wurden aus der Gene Expression Omnibus (GEO)-Datenbank heruntergeladen. Die differentiell exprimierten Gene (DEGs) wurden ausgewählt und funktionelle Anreicherungsanalysen durchgeführt. Das Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk (PPI) wurde erstellt und in Cytoscape visualisiert. Die Hub-Gene wurden von CytoHubba identifiziert und signifikante Module wurden durch Molecular Complex Detection (MCODE) herausgefiltert.

Ergebnisse: Wir haben insgesamt 885 DEGs kategorisiert, darunter 330 hochregulierte und 555 herunterregulierte Gene. Die Mehrheit der DEGs war signifikant angereichert mit Kalziumionen-Transmembrantransport, Morphogenese des embryonalen Skelettsystems und Zellproliferationsprozessen. Mehrere Signalwege wurden angereichert, darunter solche, die mit PI3K-Akt-Signalisierung und Insulinresistenz verbunden sind. Wir haben 32 Hub-Gene identifiziert und 2 Module herausgefiltert.

Schlussfolgerung: Die Gene, die wir in dieser Studie identifiziert haben, könnten potenzielle Biomarker für MLL-rearrangierte AML darstellen und zur Entwicklung neuer therapeutischer Strategien beitragen.