Proteomische Ansätze zur Identifizierung von Krankheitsbiomarkern basieren hauptsächlich auf der vergleichenden Analyse der Proteinexpression in normalen und erkrankten Geweben, um fehlerhaft exprimierte Proteine zu identifizieren, die neue Biomarker darstellen könnten, auf der Analyse sekretierter Proteine (in Zelllinien und Primärkulturen) und auf direktem Serumprotein Profilierung. Zu den Proteomics-Methoden gehören die Beurteilung der Proteinexpression (mittels Western Blot und enzymgebundenem Immunosorbens-Assay sowie anderer antikörperbasierter Methoden) sowie die Isolierung, Identifizierung und Quantifizierung von Proteinen in Bioproben mit hochauflösender zweidimensionaler Gelelektrophorese und hoher Leistung Flüssigkeitschromatographie, Oberflächenchromatographie durch Adsorption von Proteinen an aktivierten Oberflächen (matrixunterstützte Laserdesorptions-Ionisationstechnologie),